化脓性扁桃腺炎多由细菌感染引起，常用抗生素等药物治疗。
一、细菌感染为主的情况
由A组乙型溶血性链球菌等细菌感染引发的化脓性扁桃腺炎，常选用青霉素类抗生素，如青霉素等，它对链球菌有较好的抗菌作用，能抑制细菌细胞壁合成从而发挥杀菌功效。
二、病毒感染相关情况
部分化脓性扁桃腺炎由病毒引起，如腺病毒等，此时主要以对症支持治疗为主，因为目前针对病毒感染缺乏特效抗病毒药物，主要是缓解发热、咽痛等症状。
三、特殊人群情况
儿童患化脓性扁桃腺炎时，用药需谨慎，要考虑儿童的肝肾功能发育情况等，一般尽量选择对儿童相对安全的药物，且密切关注用药后的反应；孕妇患化脓性扁桃腺炎时，用药要权衡对胎儿和孕妇的影响，需在医生指导下选择合适的药物，避免使用对胎儿有潜在危害的药物。
四、病情较重情况
对于病情较重、感染严重的患者，可能需要静脉使用抗生素，以更快地控制感染，此时要根据细菌培养及药敏试验结果来精准选择敏感抗生素，确保治疗效果。