卵巢囊肿的药物治疗需根据囊肿性质等情况而定，一般来说，对于生理性卵巢囊肿，部分可自行消退，通常无需特殊药物消除；对于一些病理性卵巢囊肿，可能会用到以下几类药物：
避孕药：短效口服避孕药可通过抑制排卵，减少卵巢囊肿的发生风险，对一些因内分泌因素导致的卵巢囊肿可能有一定的调节作用，但不能直接消除已存在的较大卵巢囊肿。有研究表明，长期规律服用短效避孕药可在一定程度上影响卵巢的内分泌功能，从而对卵巢囊肿的发展产生影响，但它不是针对消除囊肿的特效药物。
抗生素：如果卵巢囊肿是由炎症引起的，如输卵管卵巢脓肿等炎性包块，可能会使用抗生素进行治疗。通过控制炎症，有可能使炎性囊肿缩小，但这种情况相对较少见，且一般是在明确有感染因素时才会使用抗生素。
需要注意的是，药物治疗卵巢囊肿有一定局限性，对于较大的卵巢囊肿（直径通常大于5厘米）、存在破裂、扭转等potential并发症风险的囊肿，多需要手术治疗。在考虑药物治疗时，要充分考虑患者的年龄、生育需求、整体健康状况等因素。例如，年轻有生育需求的患者在选择药物时需权衡药物对生育的影响；对于有严重肝肾功能不全等基础疾病的患者，用药需谨慎评估。此外，儿童和青少年发生卵巢囊肿时，药物治疗需非常谨慎，优先考虑非药物干预措施，一般不轻易使用上述药物进行针对囊肿消除的治疗，多以观察随访为主，因为儿童的生殖内分泌系统尚未发育成熟，药物可能会对其生长发育产生不良影响。