先天性胆红素代谢障碍需根据具体类型处理。若为 Gilbert 综合征，一般无需特殊治疗，定期监测胆红素水平即可，因该综合征通常对健康影响较小，多数患者无明显症状，仅在某些诱因下胆红素轻度升高。
若是 Crigler - Najjar 综合征Ⅰ型，病情严重，需进行换血疗法等紧急处理，以降低过高的胆红素水平，避免胆红素脑病等严重并发症，因为Ⅰ型患者体内缺乏葡萄糖醛酸转移酶，胆红素代谢严重障碍，易导致严重神经系统损害。
对于 Crigler - Najjar 综合征Ⅱ型，可使用苯巴比妥等药物治疗，苯巴比妥能诱导葡萄糖醛酸转移酶的活性，从而帮助代谢胆红素，但用药需谨慎评估。
新生儿出现先天性胆红素代谢障碍时，要密切观察黄疸情况及精神、吃奶等状态，及时就医评估，因为新生儿各器官功能发育不完善，胆红素代谢异常可能影响其健康，需专业医生根据具体病情制定个性化诊疗方案。