肝叶萎缩的病因较多，常见的有以下几类。
一、胆道系统疾病
胆道梗阻是导致肝叶萎缩的重要原因之一。例如胆管结石、胆管癌等疾病可引起胆道梗阻，使得胆汁排出不畅，相应肝叶因胆汁淤积等因素逐渐出现萎缩。这种情况在长期有胆道疾病史的人群中较为常见，若胆道梗阻长期不解除，肝叶萎缩会逐渐加重。
二、肝脏血管性疾病
肝动脉血栓形成或栓塞、门静脉血栓等肝脏血管性疾病可影响肝脏局部的血液供应。当某一肝叶的血液供应严重减少时，肝细胞会因缺血缺氧等发生变性、坏死，进而导致肝叶萎缩。有过肝脏血管相关疾病病史的人群，需警惕肝叶萎缩的发生。
三、肝脏炎症性疾病
严重的慢性肝炎，如病毒性肝炎（乙肝、丙肝等）长期不愈，炎症反复损伤肝脏组织，可导致肝叶萎缩。一些自身免疫性肝炎患者，若病情控制不佳，也可能出现肝叶萎缩情况，此类患者多有长期反复的肝脏炎症表现。
四、肝脏肿瘤性疾病
肝脏的恶性肿瘤，如肝癌，随着肿瘤的生长，会对周围肝组织产生压迫、浸润等作用，导致肿瘤所在肝叶的正常组织受到破坏，进而出现萎缩。有肝脏肿瘤家族史或长期接触致癌物质等高危因素的人群，更应密切关注肝脏情况，防范肝叶萎缩的发生。