咽喉溃疡可根据不同病因选择消炎药，如细菌感染引起的咽喉溃疡可选用青霉素类、头孢菌素类等抗生素；病毒感染引起的咽喉溃疡一般不需要用消炎药，可使用抗病毒药物等。
细菌感染导致的咽喉溃疡
当咽喉溃疡是由细菌感染引发，像链球菌感染等情况，可考虑使用青霉素类消炎药，如青霉素。但使用前需确认患者无青霉素过敏史。对于不能使用青霉素的患者，可选用头孢菌素类消炎药，例如头孢拉定。不过具体用药需由医生依据患者病情精准判断。
病毒感染导致的咽喉溃疡
若是病毒感染引起的咽喉溃疡，如疱疹性咽峡炎，通常不需要使用消炎药。可使用抗病毒药物，如阿昔洛韦。但病毒感染有自限性，一般对症治疗即可，如使用止痛药缓解疼痛等。
免疫系统异常相关的咽喉溃疡
当咽喉溃疡与免疫系统异常有关，比如白塞病导致的咽喉溃疡，可能需要使用免疫抑制剂等药物，但这需要专业医生根据患者具体病情制定个体化治疗方案，消炎药可能不是主要的治疗药物，而是需要针对免疫系统进行调节的药物。
特殊人群的咽喉溃疡用药
儿童出现咽喉溃疡时，用药需格外谨慎。若是细菌感染，应选择对儿童相对安全的抗生素，如阿莫西林等，但必须在医生指导下使用，严格遵循儿童用药的剂量等要求。孕妇出现咽喉溃疡，选择消炎药要非常慎重，需充分评估药物对胎儿的影响，一般会优先选择对胎儿影响较小的药物，或先尝试非药物治疗方法来缓解症状。