左旋肉碱可能出现的副作用包括胃肠道不适，部分人服用后会有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，这可能与个体对药物的耐受性差异以及药物对胃肠道的刺激有关；神经系统方面，少数人可能出现头痛、头晕等情况，可能是药物影响了神经系统的正常调节；还有可能影响肾脏功能，长期或过量服用可能增加肾脏代谢负担，但这种情况相对较少见，一般在正常推荐剂量下发生概率较低。
胃肠道不适表现
服用左旋肉碱后，胃肠道受到刺激，可能引发恶心症状，感觉胃部有不适的上涌感，接着可能出现呕吐，将胃内部分物质排出；腹痛表现为腹部不同部位的疼痛，可能是隐痛或绞痛；腹泻则是大便次数增多，粪便较稀。
神经系统影响
头痛通常是头部出现胀痛或隐痛，程度因人而异；头晕可能表现为头部昏沉感，行动时会有不稳的感觉，这些神经系统的反应可能会影响日常生活和工作状态。
肾脏功能相关
长期过量服用左旋肉碱时，肾脏需要过滤和代谢更多的相关物质，可能超出肾脏正常的代谢负荷，虽然这种情况相对少见，但仍需关注，尤其是本身肾脏功能不佳的人群更要谨慎使用。
特殊人群需注意
对于孕妇和哺乳期女性，由于其身体处于特殊生理状态，服用左旋肉碱可能对胎儿或婴儿产生未知影响，所以不建议随意服用；儿童处于生长发育阶段，身体各项机能尚未成熟，服用左旋肉碱可能带来不可预测的风险，应避免使用；有肾脏疾病的患者，本身肾脏功能已经存在一定问题，服用左旋肉碱可能进一步加重肾脏负担，需在医生严格评估后谨慎决定是否使用。