肠镜检查可以协助诊断肛瘘，通过肠镜检查还可以排除是否存在肠腔的其他病变，有时在齿状线处可以见到凹陷、硬结、破溃，有可能是内口。还可以通过肠镜下超声检查，可以测定肛瘘的范围，内口的位置以及管道、支管的分布。通过肠镜及超声检查，在检测括约肌损伤程度以及诊断克罗恩病引起的肛瘘等方面有显著的优势。如果患者存在肠腔的其他病变，还可以通过肠镜进行协助诊断，一旦明确肛瘘，应当积极的行手术治疗。
肠镜检查可以协助诊断肛瘘，通过肠镜检查还可以排除是否存在肠腔的其他病变，有时在齿状线处可以见到凹陷、硬结、破溃，有可能是内口。还可以通过肠镜下超声检查，可以测定肛瘘的范围，内口的位置以及管道、支管的分布。通过肠镜及超声检查，在检测括约肌损伤程度以及诊断克罗恩病引起的肛瘘等方面有显著的优势。如果患者存在肠腔的其他病变，还可以通过肠镜进行协助诊断，一旦明确肛瘘，应当积极的行手术治疗。