隐匿性阴茎治疗的最佳时期，目前缺乏统一的认识。有人认为相当部分的小儿隐匿性阴茎会随着年龄的增长或体重的减轻，症状可获得改善，甚至痊愈，隐匿性阴茎。如果患儿早期不做手术，对阴茎体的发育影响并不大，主张该病的手术矫治年龄应尽可能的推迟到青春期以后进行。因为在这个年龄段小儿身体内，雄性激素水平逐渐提高，阴茎发育较快，阴茎的外观变化较大，加上会阴部脂肪的重新分布，是患儿隐匿性阴茎自愈的关键年龄段。但也有一部分学者认为，隐匿性阴茎自愈并不是经常发生的，而患者存在包茎致使阴茎清洁困难，会影响阴茎的发育，造成生理和心理上的障碍。因此为了避免性心理产生不利的影响。最好在学龄前手术。
