黄芪和黄芩都属于中药材，且都具有一定的药用价值，以下是两者的主要区别：
1.来源不同：黄芪为豆科植物蒙古黄芪或膜荚黄芪的干燥根；黄芩为唇形科黄芩属多年生草本植物。
2.功效不同：黄芪具有补气固表、利尿托毒、排脓、敛疮生肌的功效，主要用于治疗气虚乏力、食少便溏、中气下陷、久泻脱肛、便血崩漏、表虚自汗、气虚水肿、痈疽难溃、久溃不敛、血虚痿黄、内热消渴等病症；黄芩具有清热燥湿、泻火解毒、止血、安胎的功效，主要用于治疗湿温、暑湿、胸闷呕恶、湿热痞满、泻痢、黄疸、肺热咳嗽、高热烦渴、血热吐衄、痈肿疮毒、胎动不安等病症。
3.禁忌人群不同：实证及阴虚阳亢者禁服黄芪；脾胃虚寒、腹痛便溏者、过敏者禁用黄芩。
4.不良反应不同：黄芪的不良反应尚不明确；黄芩的不良反应主要包括过敏、胃肠道反应、肝功能损害等。
需要注意的是，黄芪和黄芩都属于中药材，使用时需要在医生的指导下进行，避免自行用药。同时，中药材的使用也需要注意剂量和使用方法，避免出现不良反应。