大拇指根部肉厚部分疼可能由多种原因引起，比如外伤、腱鞘炎、关节炎等。
一、外伤因素
手指受到外力撞击、挤压等情况时，可能导致大拇指根部软组织损伤或骨骼受伤，从而引起疼痛，这种情况多有明确的外伤史，受伤当时可能就会有疼痛表现，随后局部可能出现肿胀等。
二、腱鞘炎
长期过度使用大拇指，如频繁打字、织毛衣等，容易引发腱鞘炎。腱鞘反复摩擦受损，炎症刺激会导致大拇指根部疼痛，活动大拇指时疼痛可能加重，有时能摸到局部结节。
三、关节炎
类风湿关节炎、骨关节炎等疾病也可能累及大拇指关节，引起根部疼痛。类风湿关节炎多为对称性发病，除疼痛外还可能伴有关节肿胀、僵硬，晨起时明显；骨关节炎则多见于中老年人，与关节退变有关。
四、其他原因
痛风性关节炎也可能导致大拇指根部疼痛，患者往往有血尿酸升高病史，疼痛较为剧烈，局部可能红肿。如果疼痛持续不缓解或伴有其他严重不适，应及时就医，进行相关检查以明确病因，采取相应的治疗措施。