大拇指根部肉厚部分疼可能由多种原因引起，短时间内出现的疼痛可能与过度使用等因素相关，若持续不缓解需进一步探究原因。
过度使用导致
长期进行手部重复性动作，像频繁打字、握持工具等，会使大拇指根部肌肉、肌腱等组织劳损，从而引发疼痛。这种情况在从事手工劳作、长时间使用电子设备人群中较常见，一般休息后可能会有所缓解，但若持续劳作可能加重疼痛。
外伤因素
大拇指根部受到外力撞击，比如磕碰、挤压等，会造成局部软组织损伤甚至骨折，进而引起疼痛。外伤后通常能明确有受伤过程，局部可能伴有肿胀、淤血等表现。
腱鞘炎
拇指屈肌腱鞘炎较为常见，多因慢性劳损导致腱鞘增厚，肌腱在腱鞘内滑动受限，引起疼痛，常伴有关节活动时的弹响，晨起时可能有僵硬感，活动后稍缓解。好发于长期用手劳作的人群，如织毛衣者、乐器演奏者等。
关节炎影响
类风湿关节炎等自身免疫性疾病可能累及大拇指关节，引起根部疼痛，同时还可能伴有关节肿胀、晨僵时间较长等表现，且病情可能呈进行性发展，需要及时就医明确诊断并治疗。对于儿童，若出现大拇指根部疼痛，要考虑是否有外伤史或先天性发育等问题；女性在孕期或更年期等特殊时期，由于激素变化等因素，也可能出现相关疼痛情况，需根据具体情况分析应对。