13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，能预防13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适用于2岁以上特定高危人群，可预防23种肺炎球菌血清型的感染。
接种人群差异
13价肺炎疫苗主要用于6周龄 - 5岁婴幼儿和未接种过该疫苗的6 - 18岁儿童，因为婴幼儿免疫系统尚不完善，易受肺炎球菌侵袭；23价肺炎疫苗适合2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）、免疫功能低下、老年人等人群，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高。
覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗覆盖的血清型相对较少，但都是引起儿童侵袭性肺炎球菌疾病最主要的血清型；23价肺炎疫苗覆盖血清型较多，能预防更多种类的肺炎球菌感染，但对于2岁以下婴幼儿的保护效果不如13价肺炎疫苗。
免疫程序有别
13价肺炎疫苗常规免疫程序是2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若免疫功能低下者，可在5年后加强1剂。
保护持续时间差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的抗体持续时间相对23价肺炎疫苗可能有所不同，不过总体而言，两者都能在相应人群中起到降低肺炎球菌感染发病风险的作用，特殊人群需根据自身健康状况和医生建议选择合适的肺炎疫苗来预防肺炎球菌性疾病。