13价肺炎疫苗和23价肺炎疫苗主要区别在于覆盖血清型不同、适用人群有差异。13价肺炎疫苗覆盖13种肺炎球菌血清型，主要用于6周龄 - 5岁婴幼儿和儿童；23价肺炎疫苗覆盖23种血清型，适用于2岁以上肺炎球菌性疾病高危人群及免疫功能低下者等。
一、覆盖血清型差异
13价肺炎疫苗包含13种常见肺炎球菌血清型，对婴幼儿等特定人群常见的致病血清型覆盖较好；23价肺炎疫苗涵盖23种血清型，覆盖的血清型范围更广，但其中部分血清型在婴幼儿中感染率相对较低。
二、适用人群不同
13价肺炎疫苗主要针对6周龄开始至5岁的婴幼儿和儿童，因为这个阶段孩子免疫系统尚不完善，接种13价肺炎疫苗可有效预防相关肺炎球菌感染；23价肺炎疫苗适用于2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）的人群、老年人以及免疫功能低下者，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高，23价肺炎疫苗能为他们提供相应保护。
三、免疫程序有别
13价肺炎疫苗需按照0、2、4、12 - 15月龄的程序进行接种，共4剂次；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若免疫功能低下者，可在5年后加强接种1剂。
四、免疫应答特点不同
婴幼儿接种13价肺炎疫苗后免疫应答较好，能产生较持久的保护；23价肺炎疫苗对于2岁以下儿童免疫应答不佳，所以不推荐2岁以下儿童接种23价肺炎疫苗。
对于婴幼儿来说，应按照程序及时接种13价肺炎疫苗来预防相关肺炎；而老年人等高危人群则根据自身情况选择合适的肺炎疫苗进行接种，以降低肺炎球菌感染风险。