13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，可预防13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适合2岁以上特定人群，能预防23种肺炎球菌血清型感染。
疫苗覆盖血清型差异
13价肺炎疫苗覆盖的血清型相对较窄，但针对婴幼儿等免疫较弱人群更具针对性；23价肺炎疫苗覆盖血清型较多，能涵盖更多种类的肺炎球菌血清型。
适用人群不同
13价肺炎疫苗主要适用于6周龄 - 5岁婴幼儿和未接种过本疫苗的2 - 5岁儿童；23价肺炎疫苗适用于2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）的人群以及65岁以上老年人等。
免疫持续时间有别
13价肺炎疫苗的免疫持续时间相对23价肺炎疫苗可能稍短，但对于婴幼儿的早期保护很关键；23价肺炎疫苗一般免疫持续时间较长，但对于婴幼儿的保护效果不如13价肺炎疫苗针对该人群的设计。
接种程序有差异
13价肺炎疫苗通常需要接种多剂次，按照规定的时间间隔接种；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂次，但对于一些特定情况可能有加强接种的要求。对于婴幼儿来说，13价肺炎疫苗的接种程序要严格按照儿童保健计划进行；老年人等接种23价肺炎疫苗时要考虑自身基础疾病情况，确保接种安全。