13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，能预防13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适用于2岁以上高危人群等，可预防23种肺炎球菌血清型感染。
接种人群差异
13价肺炎疫苗主要针对6周龄 - 15月龄婴幼儿、6 - 17岁患有基础疾病的儿童等。因为婴幼儿免疫系统发育尚不完善，接种13价肺炎疫苗可在早期建立保护。23价肺炎疫苗适合2岁以上免疫功能正常但患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）的人群，以及65岁以上老年人等，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高。
覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗覆盖13种常见肺炎球菌血清型，能预防由这13种血清型导致的肺炎等疾病。23价肺炎疫苗覆盖23种血清型，涵盖了更多种类的肺炎球菌血清型，但对于2岁以下婴幼儿保护效果不如13价肺炎疫苗。
免疫程序有别
13价肺炎疫苗常规免疫程序为2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫。而23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若首次接种后5年以上再次感染风险高，可考虑再次接种。
保护持续时间差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的抗体持续时间相对23价肺炎疫苗可能更适合婴幼儿的免疫特点。23价肺炎疫苗诱导的免疫应答在接种后几周内达到高峰，但对于一些免疫功能逐渐衰退的老年人等，保护持续时间相对有限。
对于婴幼儿接种13价肺炎疫苗，要选择正规医疗机构，接种前告知医生婴幼儿健康状况。老年人等接种23价肺炎疫苗时，也需提前向医生说明自身基础疾病情况，确保接种安全。