13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，可预防13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适合2岁以上高危人群等，能预防23种肺炎球菌血清型感染。
接种人群不同
13价肺炎疫苗适用对象主要是6周龄 - 15月龄婴幼儿、6 - 17岁患有某些基础疾病的儿童等。23价肺炎疫苗适用于2岁以上肺炎球菌性疾病高危人群，像患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）、免疫功能低下者、老年人等。
包含血清型不同
13价肺炎疫苗包含13种常见的肺炎球菌血清型，覆盖了儿童侵袭性肺炎球菌疾病中最常见的血清型。23价肺炎疫苗包含23种肺炎球菌血清型，涵盖的血清型范围更广，但对2岁以下婴幼儿的保护效果不如13价肺炎疫苗。
免疫程序不同
13价肺炎疫苗常规免疫程序是2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫。23价肺炎疫苗一般是接种1剂，若有需要，5年后可再接种1剂。
免疫持续时间不同
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的抗体持续时间相对23价肺炎疫苗对于婴幼儿来说更优，不过23价肺炎疫苗对于成人特定人群的免疫保护持续时间也有一定保障。
对于婴幼儿等特殊人群接种肺炎疫苗时，要确保其身体处于健康状态，接种后需在现场观察一段时间，密切关注是否出现不良反应。对于老年人等高危人群，接种前应咨询医生自身健康状况是否适合接种，接种后也要留意身体反应。