13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，能覆盖13种肺炎球菌血清型；23价肺炎疫苗适用于2岁以上高危人群等，可覆盖23种肺炎球菌血清型。
适用人群差异
13价肺炎疫苗主要针对6周龄 - 5岁婴幼儿和未接种过的2 - 5岁儿童，因为婴幼儿免疫系统相对较弱，接种13价疫苗可有效预防相关血清型肺炎球菌感染。23价肺炎疫苗适用于2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）、免疫功能低下者、老年人等，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高，23价疫苗能提供一定保护。
接种程序不同
13价肺炎疫苗常规接种程序是2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫，共4剂次。23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若免疫功能低下者，5年后可再接种1剂。
免疫持续时间有别
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的免疫持续时间相对23价疫苗可能有所不同，13价对于婴幼儿初期免疫建立很关键。23价疫苗激发的免疫应答在部分人群中持续时间相对长一些，但也因个体情况而异。
覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗覆盖的13种血清型主要是引起婴幼儿侵袭性疾病和严重感染的常见血清型。23价肺炎疫苗覆盖23种血清型，涵盖了更多种类的肺炎球菌血清型，但对婴幼儿的针对性不如13价疫苗。
对于婴幼儿来说，应按照13价肺炎疫苗的接种程序及时接种，以获得更好的防护；对于2岁以上有高危因素的人群，根据自身情况选择23价肺炎疫苗接种。老年人若有慢性疾病等情况，也可考虑接种23价肺炎疫苗来降低肺炎球菌感染风险，但都需在医生评估后进行接种。