13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，能覆盖13种肺炎球菌血清型；23价肺炎疫苗适用于2岁以上高危人群等，可覆盖23种肺炎球菌血清型。
接种人群差异
13价肺炎疫苗主要针对6周龄 - 15月龄婴幼儿、6 - 17岁患有基础疾病的儿童等。因为婴幼儿免疫系统尚不完善，接种13价肺炎疫苗可针对性预防相关血清型肺炎球菌感染。23价肺炎疫苗适合2岁以上免疫功能正常但患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）者，以及65岁以上老年人等，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高，23价肺炎疫苗能提供更广泛血清型覆盖。
覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗包含13种常见肺炎球菌血清型，主要针对婴幼儿易感染的血清型。23价肺炎疫苗涵盖23种肺炎球菌血清型，覆盖范围更广，但对于2岁以下婴幼儿保护效果不如13价肺炎疫苗。
接种程序有别
13价肺炎疫苗常规接种程序为2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫。而23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若免疫功能低下者，可在5年后加强接种1剂。
免疫持续时间差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的抗体持续时间相对有特定规律，能在关键免疫未完善阶段提供较好保护。23价肺炎疫苗诱导产生的抗体持续时间对于不同人群有所不同，一般在部分人群中持续时间有其特点，但总体与13价肺炎疫苗在覆盖人群和时间上各有优势。
对于婴幼儿等特定接种人群，家长应遵循专业医生建议，按程序及时接种13价肺炎疫苗；对于符合23价肺炎疫苗接种指征的人群，也应在医生指导下考虑接种，以降低肺炎球菌感染风险，尤其老年人等慢性疾病患者，接种后可减少肺炎相关严重并发症发生的可能。