13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿及儿童，能覆盖13种肺炎球菌血清型，在预防婴幼儿侵袭性肺炎球菌疾病方面效果较好；23价肺炎疫苗适合2岁以上特定人群，可覆盖23种肺炎球菌血清型，对成人等特定人群预防肺炎球菌感染有作用。
接种人群差异
13价肺炎疫苗主要适用6周龄 - 5岁婴幼儿和儿童，因为婴幼儿免疫系统尚不完善，此疫苗能有效保护他们免受常见肺炎球菌血清型感染；23价肺炎疫苗适用于2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）者、老年人等特定人群，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高，该疫苗可提供相应保护。
覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗覆盖13种肺炎球菌血清型，主要针对婴幼儿常见且致病力较强的血清型；23价肺炎疫苗覆盖23种肺炎球菌血清型，覆盖范围更广，但对婴幼儿保护效果不如13价肺炎疫苗。
接种程序有别
13价肺炎疫苗基础免疫通常在2、4、6月龄各接种一剂，加强免疫在12 - 15月龄接种一剂；23价肺炎疫苗一般只需接种一剂，若需要再次接种，需间隔5年以上。
免疫持久性差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内的免疫持久性相对23价肺炎疫苗对于特定人群有其自身特点，13价肺炎疫苗针对婴幼儿的免疫构建能在关键时期提供较好保护；23价肺炎疫苗对于成人等特定人群的免疫保护持续时间，需根据个体健康状况等因素综合考量，一般能为特定人群提供一定时长的防护。