13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，可预防13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适合2岁以上特定人群，能预防23种肺炎球菌血清型感染。
适用人群差异
- 13价肺炎疫苗：主要适用于6周龄 - 5岁婴幼儿和儿童，婴幼儿自身免疫系统发育不完善，接种13价肺炎疫苗可有效降低肺炎球菌性疾病风险；对于5岁以下儿童，若存在免疫缺陷等特殊情况也需接种。
- 23价肺炎疫苗：适合2岁以上肺炎球菌性疾病高危人群，如患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）的人群，这类人群感染肺炎球菌后病情可能更严重，接种23价肺炎疫苗能提供相应保护；还有老年人，随着年龄增长，机体免疫力下降，接种23价肺炎疫苗可降低肺炎发生风险。
免疫持续时间不同
- 13价肺炎疫苗：婴幼儿接种后免疫持续时间相对23价肺炎疫苗较短，一般在接种后几年内有较好保护效果，但需根据儿童具体情况及后续加强接种情况来维持免疫保护。
- 23价肺炎疫苗：一般免疫持续时间较长，接种后多数人可获得较长时间的免疫保护，但对于免疫力低下人群，免疫持续时间可能会受影响。
接种程序有别
- 13价肺炎疫苗：基础免疫通常在2、4、6月龄进行，加强免疫在12 - 15月龄进行，需按照规定的接种时间和程序完成接种，以确保婴幼儿获得良好免疫应答。
- 23价肺炎疫苗：一般只需接种1剂，若存在免疫功能低下等特殊情况，可能需要根据医生评估决定是否再次接种及接种时间间隔等。
不良反应情况
- 13价肺炎疫苗：常见不良反应有注射部位红肿、疼痛、发热等，一般为轻至中度，多数可自行缓解；对于婴幼儿，接种后需密切观察是否有异常反应，因为婴幼儿身体较为脆弱。
- 23价肺炎疫苗：不良反应相对较少，可能出现注射部位疼痛、红肿，少数人可能有发热等症状，但其程度一般较轻，老年人接种后也需关注身体反应情况，根据自身身体状况判断是否出现异常。