任何辅料过敏的患者禁用盐酸莫西沙星氯化钠注射液的禁忌主要包括已知对莫西沙星的任何成份，或其他喹诺酮类，或任何辅料过敏的患者禁用本品。由于缺乏患有肝功能严重损伤的患者和转氨酶升高大于5倍正常值上限的患者使用莫西沙星的临床数据，该药在这类患者中禁止使用。动物研究显示莫西沙星有生殖毒性，但对人的潜在危险性尚不明确。因此莫西沙星禁用于妊娠期和哺乳期的妇女。此外由于本品会引起关节的软骨损伤，因此18岁以下患者禁用本品。