蛋白丢失性胃肠病的治疗包括对因治疗和对症治疗，因病而异，如肾病需治疗肾病，免疫性疾病需用免疫抑制剂等。对症治疗主要是补充蛋白质，如有感染需用抗感染药物，还可采用中医中药治疗、内镜下治疗等。治疗时还需注意饮食和休息。