小儿感染性心内膜炎的诊断需要结合病史、临床症状、超声心动图及血培养综合判断。对于原本有先天性心脏病的孩子，出现一周以上不明原因的发热，心脏杂音呈现鸥鸣样或音乐样改变，超声心动图发现心瓣膜、心内膜及大血管内膜，附着疣状感染性赘生物，血培养阳性可以确诊此病。但是，临床上血培养常常有假阴性的情况出现，先天性心脏病患儿伴发热一周以上，均需要反复进行血培养检查。以提高血培养阳性率，协助诊断此病。