本病病死率极高，病程很短，一般在一周内死亡，预后极差。早期诊断与及时治疗十分必要。目前尚无肯定有效药物。静脉滴注与鞘内注射高剂量的两性霉素B和咪康唑联合使用可能有效。在治疗过程中应检测血清肌酸酐及尿素氮，防止出现肾损害。口服利福平或静脉滴注磺胺异恶唑可增加疗效。一般抗阿米巴药物无效。