霉菌性阴炎主要是由白色念珠菌等真菌感染引起，约10%～20%的非孕妇女及30%的孕妇阴道中有此菌寄生，但菌量少不引起症状，当全身及阴道局部免疫能力下降，尤其是局部细胞免疫力下降，白色念珠菌大量繁殖才会引发炎症。
自身菌群失调引发
正常情况下，阴道内有多种微生物存在，它们相互制约维持平衡。当长期应用广谱抗生素时，比如连续使用抗生素超过1周，会使阴道内正常菌群受到抑制，念珠菌大量繁殖从而引发霉菌性阴炎。另外，糖尿病患者由于血糖偏高，阴道内糖原含量增加，也为念珠菌的生长提供了有利环境，这类患者患霉菌性阴炎的几率比正常人群高很多。
局部环境改变因素
长期穿着紧身化纤内裤，会使会阴局部温度和湿度增加，营造出有利于念珠菌生长的环境。还有频繁阴道灌洗，会破坏阴道内的酸性环境（正常阴道pH值在3.8～4.4），导致阴道酸碱平衡失调，降低阴道的自净能力，进而容易诱发霉菌性阴炎。比如有些女性为了清洁过度频繁灌洗阴道，一个月进行2次以上，就可能增加患病风险。
免疫力低下相关因素
长期应用免疫抑制剂，像器官移植患者需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应，这类人群的机体免疫力下降，容易受到念珠菌的侵袭而引发霉菌性阴炎。还有一些患有严重疾病，如艾滋病的患者，自身免疫系统遭到破坏，阴道局部的防御功能大大减弱，也极易患上霉菌性阴炎。