小柳原田综合症的病因目前尚未完全明确，一般认为与自身免疫反应有关，可能是在遗传易感性基础上，由感染等因素诱发免疫系统异常攻击眼部等相关组织。
与自身免疫因素相关
自身免疫反应在小柳原田综合症的发病中起重要作用。人体自身的免疫系统本应保护身体，但当出现异常时，会错误地攻击眼部的色素膜等组织。例如，身体内的一些免疫细胞会产生异常抗体，这些抗体针对眼部特定的抗原物质，引发一系列免疫炎症反应，导致眼部出现一系列病变，如葡萄膜炎等表现。
遗传易感性方面
研究发现，遗传因素在小柳原田综合症的发病中具有一定作用。有部分患者存在特定的基因变异，使得他们比其他人更容易患上这种疾病。比如某些人类白细胞抗原（HLA）基因的异常，会增加发病的风险。具有特定HLA基因亚型的人群，在遇到外界诱因时，更易触发自身免疫反应从而导致小柳原田综合症的发生。
感染因素的影响
某些感染可能是诱发小柳原田综合症的诱因之一。比如病毒感染，像疱疹病毒等感染可能会启动人体的免疫应答，使得原本有遗传易感性的个体发生免疫紊乱，进而引发小柳原田综合症。当人体感染了相关病毒后，病毒作为一种外来抗原，刺激免疫系统，导致免疫系统失衡，攻击眼部等组织，从而出现小柳原田综合症的症状。