过氧化苯甲酰凝胶可能会有一些副作用。一般来说，使用过程中可能出现皮肤刺激等情况。据研究，约有3% - 10%的使用者可能会出现局部皮肤反应。
皮肤局部反应方面
皮肤刺激： 部分人使用后可能出现皮肤发红、烧灼感，大约有5%左右的使用者会出现这种轻度的皮肤刺激症状，表现为用药部位有轻微的不适感，皮肤外观上可见发红现象。干燥脱屑： 还有可能导致皮肤干燥、脱屑，大概2% - 8%的人会出现不同程度的脱屑情况，这是因为过氧化苯甲酰凝胶会对皮肤的角质层产生一定影响，使得皮肤水分流失相对增加，从而出现脱屑表现。
过敏反应情况
轻度过敏： 少数人可能出现过敏的轻度表现，像皮肤瘙痒，发生率大约在1% - 3%，会感觉到用药部位瘙痒难耐，但皮肤外观可能没有太明显的红肿等严重表现。重度过敏： 不过严重过敏反应较为罕见，发生率低于0.5%，但一旦出现可能会有皮肤广泛红肿、起皮疹甚至呼吸困难等严重症状，此时需要立即停止使用并就医处理。
与其他药物相互作用相关
与其他外用药合用： 如果同时使用其他外用药，可能会增加皮肤刺激的风险。比如同时使用维A酸类药物，据观察，两者合用会使皮肤刺激的发生率有所上升，大概从原本单独使用过氧化苯甲酰凝胶的5%左右上升到7% - 9%。所以在同时使用其他外用药时，需要谨慎，最好在医生指导下进行。