头皮寻常疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中约70%是由HPV-2型引起。HPV通过皮肤黏膜微小破损进入上皮细胞内复制、增殖，导致上皮细胞异常分化和增生，从而引起头皮出现良性赘生物。
病毒传播途径
直接接触传播： 与寻常疣患者直接接触，比如和长有头皮寻常疣的人握手、拥抱等，就有可能被传染上HPV。不过这种直接接触传播的概率相对不是特别高，但确实存在风险。间接接触传播： 通过接触被HPV污染的物品而感染，像共用毛巾、梳子等个人物品，就可能间接传播HPV，从而引发头皮寻常疣。比如在公共浴室、理发店等场所，如果共用未消毒彻底的理发工具，就容易接触到HPV，增加患病几率。
自身因素影响
皮肤屏障功能受损： 当头皮皮肤的屏障功能因为外伤、摩擦等原因受到损伤时，就更容易让HPV侵入。比如头皮有擦伤、抓伤等情况，这时候皮肤的防御能力下降，HPV就更容易感染并引发寻常疣。免疫力低下： 身体免疫力比较低的人，比如患有某些疾病（像艾滋病等）、长期使用免疫抑制剂的人，或者是儿童、老年人等免疫力相对较弱的群体，对HPV的抵抗力较差，更容易感染HPV而患上头皮寻常疣。例如儿童的免疫系统还在发育阶段，相对成年人来说更易感染HPV导致头皮出现寻常疣。
环境因素作用
公共场所环境： 在一些卫生条件不太好的公共场所，比如卫生状况不佳的游泳馆、公共浴池等，HPV容易在这样的环境中存活，增加了人们感染的可能性。这些场所人群密集，病毒传播的机会相对较多，如果接触到被污染的环境，就可能感染HPV引发头皮寻常疣。卫生习惯问题： 平时不注意个人卫生，长时间不洗头，头皮上的污垢容易堆积，也可能影响头皮皮肤的状态，使皮肤更容易受到HPV的侵袭。保持良好的个人卫生习惯，定期洗头等有助于降低感染HPV引发头皮寻常疣的风险。