毛囊炎的治疗药物需根据病情来选，一般细菌感染引起的毛囊炎，可使用莫匹罗星软膏等外用药，通常局部涂抹就能起到消炎作用，能在一定程度上改善症状。
外用药选择
莫匹罗星软膏： 这是一种常用的外用抗生素软膏，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于轻度的毛囊炎有较好的疗效。它可以抑制细菌的蛋白质合成，从而发挥杀菌作用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。能通过抑制细菌的RNA合成来达到抗菌效果，可用于治疗毛囊炎。
内服药情况
抗生素类口服药： 如果毛囊炎比较严重，或者反复发作，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，像头孢拉定等，不过使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。头孢类药物能抑制细菌细胞壁的合成，从而起到杀菌消炎的作用。大环内酯类口服药： 例如红霉素，对于一些对青霉素类药物过敏的患者可以选用。红霉素能抑制细菌蛋白质的合成，对多种细菌有抑制作用，可用于毛囊炎的治疗。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童患毛囊炎时使用外用药要谨慎，尽量选择温和、刺激性小的药物。如果需要口服药，一定要在医生的严格指导下使用，因为儿童的肝肾功能发育尚未完全，药物代谢与成人不同。孕妇患者： 孕妇患毛囊炎时，外用药的选择相对受限，应尽量选择对胎儿影响小的药物。口服药则需要特别谨慎，必须经过医生评估，因为很多药物可能会通过胎盘影响胎儿发育。
用药之外的辅助
保持皮肤清洁： 无论是外用还是口服药物治疗，保持皮肤清洁都很重要。每天用温水清洗患处附近的皮肤，避免油脂、污垢等堵塞毛孔，加重毛囊炎。一般建议每天清洗1 - 2次。注意饮食： 在用药治疗毛囊炎的同时，要注意饮食清淡，少吃辛辣、油腻、甜食等容易诱发毛囊炎的食物。多吃蔬菜水果，保持营养均衡，这有助于身体的恢复，一般建议每天摄入蔬菜300 - 500克，水果200 - 300克。