胶囊内镜检查的主要危害在于检查过程中胶囊内镜可能会嵌顿在消化道某部位而无法排出体外。常见原因如下：
一、消化道存在炎症、溃疡、梗阻或出血，形成龛，导致胶囊内镜嵌顿其中难以出来，比如患有这些疾病的患者。
1.炎症：炎症状态下消化道可能出现异常变化。
2.溃疡：可形成特殊的凹陷结构。
3.梗阻：使消化道通道变窄。
4.出血：影响消化道正常状态。
二、消化道先天畸形，狭窄处过多，胶囊内镜可能在某一处嵌顿。
三、消化道慢性炎症、消化道肿瘤、消化道外肿瘤对消化道的压迫等情况，也会造成消化道腔狭窄，进而引发胶囊内镜嵌顿。
胶囊内镜进入人体后一般需2-3天排出，期间要密切观察。
总之，胶囊内镜检查虽有一定作用，但要注意其可能出现嵌顿的风险，尤其是存在上述多种消化道问题时，应特别关注和谨慎对待，随时观察胶囊内镜的排出情况。