近亲结婚生出的孩子患遗传病的风险会显著增加。据统计，近亲结婚所生子女的隐性遗传病发病率比非近亲结婚高150倍左右。
遗传病类型及表现
常染色体隐性遗传病：像白化病就是常见的常染色体隐性遗传病，患者皮肤、毛发及眼睛呈现白化现象，由于体内缺乏酪氨酸酶，不能正常合成黑色素。还有先天性聋哑，患者双耳听力出现障碍，无法正常感知声音。X连锁隐性遗传病：例如血友病，患者体内缺乏凝血因子，轻微受伤就可能导致出血不止，而且出血情况会反复发生，严重影响身体健康。杜氏肌营养不良也是X连锁隐性遗传病，患儿肌肉会逐渐无力萎缩，行走、奔跑等运动能力会慢慢丧失。
畸形风险升高
近亲结婚会使孩子出现先天畸形的几率大幅提高。比如唇腭裂，孩子的唇部和上颚出现裂隙，影响进食和面部外观。还有先天性心脏病，心脏的结构或功能存在异常，会影响心脏的正常供血和泵血功能，严重时可危及生命。
智力发育问题
近亲结婚可能导致孩子智力发育迟缓。研究发现，近亲所生子女患智力低下的概率比非近亲结婚的孩子高很多。这些孩子在学习、认知等方面会明显落后于同龄人，在接受知识、理解事物等方面都会面临困难，对其未来的生活和学习产生极大影响。