睫毛根部有螨虫可通过如下方法彻底清除：
一、眼部清洁：
1.当睫毛根部存在螨虫时，要全面彻底地清洁眼部。必要时可严格遵循医嘱涂抹复方妥布霉素眼膏、盐酸金霉素眼膏等药物。且洗脸时要仔细清洗睫毛根部，尽可能减少与动物的接触。
二、剪掉睫毛：
1.若想将睫毛根部的螨虫彻底清除，可剪掉睫毛，接着用生理盐水进行擦拭，以去除睫毛根部的分泌物。此外，使用热毛巾温敷眼部，也会有较好的效果。
三、使用脉冲治疗仪：
1.若想快速见效，还可利用脉冲治疗仪进行清除。主要是借助脉冲治疗仪发出的激光来震动螨虫寄居的毛囊，促使螨虫离开毛囊，从而实现治疗目的。患者平常也要注意休息，避免熬夜以及过度用眼，同时要重视眼部卫生。
总结：针对睫毛根部有螨虫的情况，可通过眼部清洁、剪掉睫毛以及使用脉冲治疗仪等方法来进行处理，同时患者还需注意日常的眼部保养。