慢性脊髓炎的病因较为复杂，目前认为可能与以下因素有关。首先，感染因素是常见的诱因之一，比如病毒感染，像人类T淋巴细胞病毒 - 1型等病毒感染有可能引发慢性脊髓炎，有研究发现部分慢性脊髓炎患者发病前有病毒感染的经历。
自身免疫因素：
自身免疫反应异常： 人体的免疫系统出现紊乱时，可能会错误地攻击脊髓组织。例如，自身免疫性疾病患者，免疫系统把脊髓当作外来的有害物质进行攻击，从而导致慢性脊髓炎的发生。一些患有系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病的患者，就有较高的患慢性脊髓炎的风险。遗传易感性： 遗传因素也在其中起到一定作用。如果家族中有亲属患有自身免疫相关的脊髓炎疾病，那么个体患慢性脊髓炎的可能性可能会增加。研究表明，某些特定的基因变异可能会使个体更容易发生针对脊髓的自身免疫反应。
感染后免疫反应：
细菌感染后的继发反应： 除了病毒感染，细菌感染也可能引发后续的免疫反应导致慢性脊髓炎。比如肺炎链球菌等细菌感染人体后，机体产生的免疫反应可能会波及脊髓，引发慢性的炎症过程。当人体被细菌感染后，免疫系统在清除细菌的过程中，可能会出现对脊髓组织的交叉免疫反应，进而导致脊髓出现慢性炎症。支原体感染相关： 支原体感染也与慢性脊髓炎有一定关联。支原体感染人体后，其引发的免疫反应可能会影响脊髓，导致脊髓出现慢性的炎症改变。例如，支原体肺炎患者在病情恢复后，少数可能会出现慢性脊髓炎的症状，这可能就是支原体感染引发的免疫反应波及脊髓所致。