皮肤囊肿的处理需根据具体情况来定，一般较小且无症状的囊肿可能无需特殊处理，而较大或有症状的可能需要手术等干预。
观察等待的情况
如果皮肤囊肿较小，直径通常在1厘米以内，且没有引起疼痛、红肿等不适症状，那么可以选择观察等待。但要注意定期观察囊肿的大小、形态等变化，一般建议每隔1 - 3个月观察一次。比如一些表皮样囊肿，初期较小且无明显异常时，先观察是可行的，但要避免经常用手去挤压囊肿，因为挤压可能会刺激囊肿导致感染等情况。
药物治疗的情况
当皮肤囊肿出现感染迹象，如局部红肿、疼痛，有少量脓性分泌物时，可考虑药物治疗。常用的药物是抗生素，比如口服阿莫西林胶囊等，但需要在医生指导下使用。不过药物治疗一般只能控制感染症状，并不能使囊肿消失。而且如果囊肿较大，单纯药物治疗效果往往不佳。例如，因皮脂腺囊肿感染引起局部炎症反应时，使用抗生素控制炎症，但后续可能还需要手术切除囊肿。
手术治疗的情况
对于较大的皮肤囊肿，直径超过2厘米，或者影响外观、经常引起不适的囊肿，通常建议手术切除。手术切除是比较彻底的治疗方法。手术一般在局部麻醉下进行，术后需要注意伤口的护理，保持伤口清洁干燥，避免沾水，防止感染。一般术后7 - 10天可以拆线。像一些皮样囊肿，如果体积较大影响到局部功能或者美观，就需要通过手术将其完整切除。
特殊人群的注意事项
对于儿童患者的皮肤囊肿，由于儿童皮肤较为娇嫩，在处理上更要谨慎。如果是婴幼儿的皮肤囊肿，观察等待时要特别注意保持皮肤清洁，避免囊肿部位受到摩擦。如果是孕妇的皮肤囊肿，手术治疗需要权衡利弊，因为孕期手术可能会对胎儿产生一定影响，所以一般优先选择观察等待，待分娩后再根据情况决定是否手术；如果囊肿在孕期出现感染等紧急情况，才会考虑在合适的孕周进行适当的处理。