人流和药物流产各有特点，不能简单说哪个伤害绝对小。一般怀孕49天内的宫内妊娠，药物流产相对伤害可能稍小些，但也有一定前提。
适用情况差异
药物流产： 适用于妊娠≤49天的健康女性，通过服用米非司酮和米索前列醇等药物促使胚胎排出。不过，药物流产有10%左右的失败率，如果失败还需要进行清宫手术，相当于对身体进行二次伤害。人工流产： 包括手术流产等方式，适用于妊娠10周内要求终止妊娠且无禁忌证者。手术过程中可能会有子宫穿孔、吸宫不全等风险，但如果是正规操作，发生严重并发症的概率相对较低。
对身体的影响方面
药物流产： 出血时间相对较长，一般会出血7~10天，甚至更长时间，而且出血较多时可能会引发贫血等问题。药物流产后子宫恢复相对较慢，身体需要更长时间来调整。人工流产： 术中可能会有疼痛，术后恢复相对较快一些，但术后也需要注意休息和护理，否则可能会引起感染等问题。如果是多次人工流产，还可能会导致子宫内膜变薄，影响以后受孕，甚至引发习惯性流产等情况。
禁忌人群区别
药物流产： 有肾上腺疾病、糖尿病等内分泌疾病、肝肾功能异常、各种器官良性或恶性肿瘤、血液病或血栓性疾病、高血压等患者禁用。另外，带器妊娠、异位妊娠者也不能做药物流产。人工流产： 患有各种疾病的急性期，比如患有严重的心脏病、心力衰竭等疾病不能耐受手术者；生殖器官急性炎症，如阴道炎、宫颈炎、盆腔炎等；术前24小时内体温两次在37.5℃以上者都不适合做人工流产。