肛门右侧内部隐隐作痛，可能是由痔疮、肛周脓肿、肛瘘等因素所致。具体如下：
一、痔疮：
1.形成原因：长期便秘或腹内压增高会导致肛垫下移或肛垫内静脉丛出现静脉曲张。
2.症状表现：痔疮位于齿状线之上时，用力排便可能引起隐隐作痛，可不伴便血症状。
3.治疗措施：症状轻微时可使用痔疮膏、痔疮栓纳肛；若影响工作及生活，可采取痔切除术、吻合器痔上黏膜环切术、超声引导下痔动脉结扎术等方法治疗。
二、肛周脓肿：
1.形成原因：肛隐窝受炎症刺激引发感染，感染灶沿肛腺或淋巴引流区域到达肛管直肠间隙引起感染。
2.症状表现：脓肿形成时表现为肛门内隐痛。
3.治疗措施：可在肛门内塞入甲硝唑凝胶、克林霉素磷酸酯凝胶、莫匹罗星软膏等；脓肿较大时，可进行脓肿切开引流术、肛门脓肿根治术等治疗。
三、肛瘘：
1.形成原因：多由肛管周围脓肿引起，脓肿破溃或引流后，经直肠和肛周皮肤形成通道。
2.症状表现：若粪便样物质经肛门周围瘘口流出，可出现肛门内疼痛。
3.治疗措施：可采用硼酸溶液外敷、高锰酸钾溶液坐浴；感染加重时，可遵医嘱口服甲硝唑片、头孢拉定胶囊、头孢克肟分散片等；炎症期过后可采取手术治疗，如肛瘘挂线治疗、肛瘘切开术、肛瘘切除术等。
总结概况提示：当肛门右侧内部出现隐隐作痛时，应考虑上述几种疾病的可能，需及时就医明确原因，并根据具体情况选择合适的治疗方法。