肥厚性心肌病的治疗需综合考量，一般来说，药物治疗是重要手段之一，比如β受体阻滞剂，像美托洛尔等药物可减慢心率，降低心肌收缩力，缓解症状，约有60%左右的患者使用后能改善临床状况。
药物治疗方面
β受体阻滞剂：除了美托洛尔，还有比索洛尔等药物也可用于肥厚性心肌病治疗，能减轻流出道梗阻，改善患者运动耐量。非二氢吡啶类钙通道阻滞剂：像维拉帕米，可抑制心肌收缩，降低心肌耗氧量，对部分患者有效。
手术治疗情况
室间隔肌切除术：适用于药物治疗效果不佳的患者，通过切除部分肥厚的室间隔心肌，减轻流出道梗阻，一般术后能明显改善症状，但手术有一定风险，约5%左右的患者可能出现相关并发症。酒精室间隔消融术：是通过向供应室间隔的冠状动脉内注入酒精，使相应心肌坏死、变薄，从而减轻梗阻，该手术相对创伤较小，但也存在一定的并发症发生几率。
器械治疗方式
植入式心脏除颤器（ICD）：对于有猝死高危风险的患者，比如存在严重室性心律失常的患者，ICD可在患者发生室颤等恶性心律失常时及时除颤，降低猝死风险，约能使此类患者猝死风险降低50%以上。心脏再同步化治疗（CRT）：适用于伴有心力衰竭和室内传导阻滞的患者，能协调心脏收缩，改善心脏功能，提高患者生活质量。