消化不良的症状主要有上腹部不适或疼痛，大约有20% - 30%的消化不良患者会出现上腹部疼痛，这种疼痛没有规律性，可能是隐痛、胀痛等。还可能有餐后饱胀感，约50%以上的消化不良患者会有餐后饱胀的情况，也就是进食少量食物后就感觉肚子很饱，早饱也是常见症状之一，患者会在进食不到正常量时就有饱腹感，从而影响进食量。
消化系统相关症状
腹胀： 患者常感觉腹部胀满，尤其是在进食后更为明显，有时会伴有腹部膨隆的表现。比如吃了一顿普通的饭菜后，就觉得肚子像鼓起来一样，很久都不消退。恶心呕吐： 部分消化不良患者会出现恶心的感觉，严重时可能会发生呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般量不是很大。
全身伴随症状
食欲减退： 患者对食物的兴趣降低，不想吃东西，进食量明显减少。长期食欲减退可能会导致体重下降等问题。比如原本一顿能吃一碗饭，现在可能只吃半碗甚至更少，一段时间后体重会有所减轻。疲劳乏力： 由于消化功能不好，身体摄入的营养物质不能很好地被吸收利用，患者会感觉全身没有力气，容易疲劳，影响日常生活和工作状态。
其他表现
反酸烧心： 胃酸反流至食管，会让患者感到胸骨后有灼烧样的疼痛，同时伴有反酸的现象，也就是胃内的酸性物质反流到口腔。例如，有时会感觉有酸水往上涌，喉咙也会有不舒服的感觉。排便异常： 可能出现便秘或者腹泻的情况，便秘时大便干结、排便困难；腹泻时大便次数增多，质地稀薄。不过排便异常不是所有消化不良患者都会出现，但也是可能伴随的症状之一。