乳管内乳头状瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是内分泌因素，体内雌激素水平异常升高可能是一个诱因。有研究发现，在育龄女性中，约部分患者的发病与雌激素刺激导致乳管上皮增生有关。
内分泌失调相关
激素水平失衡： 女性体内雌激素水平相对过高时，容易刺激乳腺导管上皮细胞异常增生，进而增加乳管内乳头状瘤的发病风险。比如在一些长期服用含雌激素类保健品的女性中，发病几率可能会有所升高。孕激素失衡影响： 孕激素水平相对不足时，不能很好地拮抗雌激素的作用，也可能促使乳管内乳头状瘤的发生。例如处于围绝经期的女性，体内孕激素分泌减少，内分泌平衡被打破，患病几率相对增加。
乳管上皮异常增生方面
先天性因素： 部分人可能存在先天性的乳管上皮细胞发育异常情况，使得乳管上皮更容易出现异常增生，从而为乳管内乳头状瘤的形成埋下隐患。这种先天性因素虽然较为少见，但确实是病因之一。后天刺激导致： 长期的炎症刺激等后天因素也可能引发乳管上皮异常增生。比如乳腺部位反复发生慢性炎症，炎症长期刺激乳管上皮，就可能导致上皮细胞出现不典型增生，逐渐发展为乳管内乳头状瘤。
其他可能相关因素
遗传易感性： 有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有乳管内乳头状瘤，那么个体患病的风险可能会比普通人高一些。虽然具体的遗传方式还不十分明确，但遗传易感性在发病中起到一定作用。生活方式影响： 长期精神压力过大、熬夜等不良生活方式也可能影响内分泌系统，间接增加乳管内乳头状瘤的发病几率。比如长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素的正常分泌节律，进而对乳腺导管上皮产生不良影响。