一般来说不存在“杭州最好的男科医院”这种绝对的说法，杭州有一些男科医院是比较出色的，比如浙江大学医学院附属第一医院、浙江中医药大学附属第二医院、杭州市红十字医院。
一、浙江大学医学院附属第一医院：其泌尿外科是全国规模较大的泌尿外科中心之一，拥有5个病区共172张床位，属于国家临床重点专科。在泌尿外科疑难病症的诊治方面独具特色，历经数十年的发展，在诸多方面积累了丰富且独特的经验。在以下领域表现突出：
1.在泌尿系统各类疾病的诊断和治疗上具备精湛的技术和深入的研究。
2.对于复杂和高难度的泌尿外科手术有着成熟的操作能力和较高的成功率。
二、浙江中医药大学附属第二医院：该医院泌尿外科现有核定床位数88张，医、护、技人员共63人。其中医生25人，有正高职称4人、副高职称10人、中级职称10人、初级职称1人，且博士学位获得者有11人。其学科规模在浙江省泌尿外科领域名列前茅。浙江大学医学院附属第二医院始建于1869年，拥有悠久的历史和深厚的底蕴。
三、杭州市红十字医院：泌尿外科成立至今已有30多年，在上世纪70年代末就完成了杭州市首例肾移植手术。科室现拥有主任医师1名、副主任医师4名，还配备了诸如X光B超双定位体外冲击波碎石机、奥林帕斯输尿管软镜、等离子电切镜和TORTZ膀胱镜等进口设备。除了常规手术外，长期开展腹腔镜下肾上腺切除、肾癌根治、膀胱癌根治以及前列腺电切等高难度手术。
总之，在生活中，患者可根据自身需求和实际情况来选择适合的医院。