咽喉炎的治疗药物需根据类型选择，急性咽喉炎多由病毒或细菌感染引起，常用药物有抗病毒药和抗生素等。一般来说，细菌感染导致的急性咽喉炎可选用青霉素类抗生素，如不过敏，阿莫西林是常用药物之一；病毒感染引起的急性咽喉炎，可使用利巴韦林等抗病毒药物。
按病因选择药物
病毒感染导致的咽喉炎：
常用药物：利巴韦林属于广谱抗病毒药物，能抑制病毒核酸合成，阻止病毒复制。不过，使用利巴韦林时要注意，孕妇及哺乳期妇女禁用，有严重贫血、肝功能异常者需慎用。另外，更昔洛韦也可用于病毒性咽喉炎，它能干扰病毒DNA合成，但肾功能不全者需减量使用。
细菌感染导致的咽喉炎：
青霉素类药物：如果是A组乙型溶血性链球菌感染引发的咽喉炎，青霉素是首选。比如青霉素V钾片，它能抑制细菌细胞壁合成，起到杀菌作用。但对青霉素过敏者不能使用，使用前需做青霉素皮试。还有阿莫西林，它也是青霉素类抗生素，抗菌谱较广，不过同样有过敏风险，用前要确认无青霉素过敏史。
慢性咽喉炎：
含漱液：复方硼砂含漱液可以清洁口腔，减轻炎症，它能通过改变口腔酸碱度，抑制细菌生长。使用时要注意，含漱时头后仰，张口发“啊”声，使含漱液能清洁咽后壁。还有呋喃西林含漱液，也有抗菌消炎的作用，使用方法类似复方硼砂含漱液。含片：度米芬含片能吸附细菌表面的活性基团，抑制细菌代谢，从而发挥抗菌作用。但使用含片时不要咀嚼，应让其慢慢溶解，发挥药效。西地碘含片含服后，碘可缓慢释放，有杀菌、抗感染的功效，不过对碘过敏者禁用。