治疗念珠菌感染常用的药物有唑类抗真菌药等，一般氟康唑对很多念珠菌感染有较好疗效，比如对于单纯性外阴阴道念珠菌病，氟康唑单剂量口服有较好效果。
唑类抗真菌药为主
氟康唑：属于三唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗念珠菌作用。对于大多数念珠菌引起的感染，口服氟康唑有较好疗效，比如常见的口腔念珠菌感染，口服氟康唑能起到抗真菌效果。伊曲康唑：也是唑类抗真菌药，可用于治疗念珠菌感染，它可以在体内达到较高的药物浓度，对念珠菌有抑制作用。比如对于一些较为严重的念珠菌感染情况，伊曲康唑可能会被使用。
外用抗真菌药物
克霉唑制剂：有克霉唑栓、克霉唑乳膏等。克霉唑乳膏可用于局部治疗念珠菌引起的皮肤感染等，比如念珠菌性外阴炎，外用克霉唑乳膏能直接作用于感染部位，抑制念珠菌生长。克霉唑栓则用于阴道念珠菌感染，将栓剂放入阴道内，能针对阴道内的念珠菌发挥作用。咪康唑制剂：像咪康唑栓、咪康唑乳膏等。咪康唑栓用于阴道念珠菌感染时，能抑制念珠菌的生长繁殖；咪康唑乳膏可用于皮肤念珠菌感染的局部涂抹，起到抗真菌的效果。
特殊人群用药注意
孕妇：孕妇患念珠菌感染时用药需谨慎，一般优先选择外用抗真菌药物，如克霉唑制剂等，尽量避免使用口服唑类抗真菌药，因为口服药物可能对胎儿有一定影响，具体用药要在医生指导下进行。糖尿病患者：糖尿病患者容易并发念珠菌感染，在治疗念珠菌感染的同时，要积极控制血糖。因为高血糖环境有利于念珠菌生长繁殖，只有良好控制血糖，配合抗真菌药物治疗，才能更好地治疗念珠菌感染，而且在用药过程中要密切监测血糖变化以及药物的治疗反应。