小孩反复高烧39度以上，已经持续3天，可能由多种原因引起，以下是一些可能的情况和建议：
1.感染：这是最常见的原因，可能是病毒、细菌、支原体等感染。可以观察孩子除了发烧还有没有其他症状，如咳嗽、流鼻涕、喉咙痛、腹泻等。如果有，可能是某种感染引起的。如果没有，也不能排除感染的可能。可以带孩子去医院做一些检查，如血常规、C反应蛋白、支原体抗体等，以确定感染的类型和病原体。根据检查结果，医生可能会开一些抗生素、抗病毒药或退烧药等。
2.免疫系统问题：孩子的免疫系统可能出现异常，导致对感染的反应过度或不适当。这可能是自身免疫性疾病、免疫缺陷等原因引起的。需要进一步检查免疫系统功能，如自身抗体、免疫球蛋白、T细胞亚群等。如果怀疑有免疫系统问题，可能需要看免疫科或儿科专家。
3.其他疾病：除了感染和免疫系统问题，还有一些其他疾病也可能导致反复高烧，如白血病、恶性肿瘤、川崎病、斯蒂尔病等。这些疾病通常会有一些特定的症状或体征，需要通过详细的体格检查、实验室检查和影像学检查等来确诊。如果孩子有其他异常表现，如皮疹、关节痛、淋巴结肿大、肝脾肿大等，或者发烧持续时间过长、退烧药效果不佳，应考虑这些疾病的可能。
4.药物反应：孩子服用的某些药物可能引起过敏或不良反应，导致发烧。这需要询问孩子的用药情况，包括处方药、非处方药、中药等。如果怀疑是药物引起的，应及时告知医生，调整用药。
5.环境因素：孩子所处的环境可能对其健康有影响，如过热、过冷、湿度大等。也可能是孩子穿着过多、盖得太厚，导致体温升高。应注意保持孩子舒适的环境温度和穿着。
总之，小孩反复高烧39度以上，持续3天是一个比较严重的情况，需要及时就医，进行全面的检查和诊断，以确定病因并给予适当的治疗。同时，要注意给孩子多喝水，以补充水分和防止脱水。如果孩子出现精神萎靡、呼吸急促、抽搐等异常情况，应立即送往医院急诊科就诊。