怀孕两个月时可以根据胚胎发育情况来决定后续处理方式，且不同选择后续要做的事各异。
一、如果去医院做超声检查，发现是宫外孕、葡萄胎或胚胎停止发育等情况，就必须及时终止妊娠。超声检查主要是确定宫腔内有无妊娠囊、胚芽、胎心等发育情况。
二、若检查出胚胎发育正常是宫内孕但不想继续妊娠，怀孕两个月可做人流手术，怕疼的女性可选择无痛人流，通过负压吸引将孕囊排出体外。流产后要注意一个月内禁止性生活、游泳、泡温泉等以防感染，尽量在家休息约15天来调理恢复身体。
三、要是检查为宫内孕且打算继续孕育，那么在孕初期的三个月要继续服用叶酸片，以预防胎儿神经管畸形。孕期要注意不能抽烟、喝酒、染头发、烫头发、接触辐射性检查物质、随意服用或滥服药物，之后还要定期做好产检。怀孕后若不想保留切勿拖延时间，否则等胎儿月份增大再处理，流产并发症也会相应增加；若想保留则要建档并定期产检，注意孕期各种事项。
总之，怀孕两个月时要明确胚胎情况来妥善决定和处理，并且无论何种选择都要做好相应的措施和注意事项。