凌晨胸口疼醒可能由多种原因引起，其中冠心病较为常见，比如稳定性心绞痛常在体力活动、情绪激动等情况下诱发，部分人也可能在凌晨安静状态下发作，疼痛一般持续3~5分钟。
心血管系统疾病方面
冠心病心绞痛： 冠状动脉粥样硬化导致血管狭窄，心肌供血不足。除了凌晨发作，还可能在劳累、饱食、寒冷等刺激下出现，疼痛常位于胸骨后，可放射至心前区、左肩等部位，一般持续3~5分钟，休息或含服硝酸甘油可缓解。心肌病： 扩张型心肌病等可能导致心肌结构和功能异常，在凌晨休息时也可能出现胸口疼，同时可能伴有呼吸困难、乏力等症状，这类患者往往有心脏扩大等心脏结构改变的相关表现。
呼吸系统疾病方面
胸膜炎： 炎症刺激胸膜可引起胸痛，疼痛程度不一，与呼吸运动有关，凌晨休息时可能因体位改变等因素导致疼痛加重，同时可能伴有咳嗽、咳痰等呼吸道症状，胸片或胸部CT检查可能发现胸膜炎症相关表现。气胸： 多在剧烈咳嗽、运动等情况下诱发，部分人也可能在凌晨睡眠中发病，表现为突发的一侧胸痛，伴有胸闷、气短，严重时呼吸困难明显，胸部X线或CT检查可明确气胸情况。
消化系统疾病方面
胃食管反流病： 夜间平卧时，胃酸容易反流至食管，刺激食管黏膜引起胸口疼痛，还可能伴有烧心、反酸等症状，尤其在凌晨睡眠中，反流可能更明显，影响睡眠导致疼醒。患者往往有饮食习惯不良等情况，比如睡前大量进食、喜欢吃辛辣油腻食物等。胆囊炎： 胆囊炎症发作时可能引起右上腹疼痛，部分人疼痛可放射至胸口部位，在凌晨发作时疼痛较为明显，常伴有恶心、呕吐等症状，进食油腻食物后容易诱发，B超检查可发现胆囊壁增厚、毛糙等胆囊炎表现。