角膜炎的治疗需根据病因选择合适眼药水，一般细菌性角膜炎常用氧氟沙星滴眼液等，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻止细菌DNA合成，从而杀菌，对多种革兰阳性、阴性菌有较好抗菌作用；病毒性角膜炎常用更昔洛韦滴眼液，它可竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，阻止病毒DNA合成，发挥抗病毒作用。
细菌性角膜炎常用眼药水
氧氟沙星滴眼液： 主要针对革兰阳性菌及阴性菌感染引起的角膜炎，能有效抑制细菌生长繁殖。一般来说，用药时需遵医嘱，频繁点眼，初始可15 - 30分钟点1次。妥布霉素滴眼液： 对葡萄球菌属及阴性杆菌有良好抗菌活性，适用于敏感细菌引起的外眼及附属器的局部感染。使用时要注意，对本品及其他氨基糖苷类抗生素过敏者禁用。
病毒性角膜炎常用眼药水
更昔洛韦滴眼液： 专门用于治疗病毒性角膜炎，通过干扰病毒DNA合成来发挥作用。使用过程中可能会出现眼部刺激等不良反应，若症状明显需及时就医。阿昔洛韦滴眼液： 对单纯疱疹病毒、水痘 - 带状疱疹病毒有抑制作用，可用于单纯疱疹性角膜炎的治疗。但孕妇及哺乳期妇女慎用。
真菌性角膜炎常用眼药水
那他霉素滴眼液： 是治疗真菌性角膜炎的常用药物，它能与真菌细胞膜中的麦角固醇结合，改变细胞膜的通透性，导致细胞内物质泄漏，从而抑制真菌生长。使用时需要注意，开始时每1 - 2小时点眼1次，每次1滴，病情控制后可减少点眼频率。氟康唑滴眼液： 属于三唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜主要成分麦角固醇的生物合成，从而发挥抗真菌作用。但使用时要监测肝功能等指标。