卵圆孔未闭早期可能没有明显症状，部分人可能有以下表现。约有25%~34%的卵圆孔未闭者可能会出现不明原因的偏头痛，这类偏头痛在女性中相对更常见，尤其是青春期到40岁左右的女性。
神经系统相关症状
短暂性脑缺血发作： 卵圆孔未闭可能导致微小血栓通过未闭的卵圆孔从右心系统进入左心系统，进而到达脑部血管，引起短暂性脑缺血发作。患者可能出现一过性的言语不清、单侧肢体无力或麻木、视物模糊等症状，一般持续时间较短，多数在1小时内缓解，但可能会反复发生。偏头痛伴神经症状： 除了单纯的偏头痛，部分卵圆孔未闭患者的偏头痛可能伴有神经系统症状，如感觉异常、言语障碍等。研究发现，约一半的卵圆孔未闭相关偏头痛患者会有先兆症状，比如在头痛发作前出现眼前闪光、视物变形等视觉先兆。
心血管系统相关表现
不明原因的心悸： 有些卵圆孔未闭患者可能会感觉心跳异常，出现心悸症状，即自己能感觉到心脏跳动的节律或强度发生了改变。这种心悸可能是因为心脏内血流动力学改变，影响了心脏的正常节律所致。右心系统相关症状： 少数卵圆孔未闭患者可能会有右心系统相关的表现，比如右心扩大等，但一般早期不太明显，可能在体检或进一步检查时才被发现。
其他少见症状
减压病相关表现： 对于从事潜水等高压环境作业的人，如果存在卵圆孔未闭，可能更容易发生减压病。因为在高压环境下，氮气等气体在体内溶解，当压力变化时，气体容易形成气泡，卵圆孔未闭可能使这些气泡从右心进入左心，引起关节疼痛、皮肤瘙痒、呼吸困难等减压病症状。不过这种情况相对比较少见，但也是卵圆孔未闭可能引发的一种特殊表现。