掏耳朵流水了能否自愈，取决于具体情况。以下是一些可能的原因和处理方法：
1.外耳道炎：掏耳朵时不慎损伤外耳道皮肤，导致细菌感染，引起外耳道炎。此时可能会出现耳道流水、疼痛、瘙痒等症状。一般情况下，轻度的外耳道炎可以自愈，但需要注意保持耳道清洁，避免再次感染。可以使用双氧水清洁耳道，然后涂抹抗生素软膏。如果症状严重，如耳道肿胀、疼痛剧烈，或出现发热等全身症状，应及时就医，医生可能会给予口服抗生素治疗。
2.中耳炎：中耳炎是中耳黏膜的炎症，可由感冒、上呼吸道感染等引起。掏耳朵时，细菌可能通过外耳道进入中耳，引发中耳炎。中耳炎除了耳道流水外，还可能伴有听力下降、耳鸣等症状。如果是急性中耳炎，需要使用抗生素治疗，同时注意耳部休息，避免进水。如果是慢性中耳炎，可能需要进行鼓膜修补等手术治疗。
3.耵聍栓塞：耵聍（耳屎）过多时，可能会形成耵聍栓塞。在掏耳朵时，可能会导致耵聍被推向耳道深处，引起耳道堵塞和流水。这种情况下，需要到医院请医生进行处理，医生会使用专业工具将耵聍取出。
4.其他原因：耳道湿疹、鼓膜穿孔等也可能导致耳道流水。
需要注意的是，掏耳朵时应避免过度用力，以免损伤耳道和鼓膜。如果掏耳朵后出现耳道流水、疼痛、听力下降等异常症状，应及时就医，以便明确诊断并采取适当的治疗措施。此外，保持耳道清洁干燥，避免进水和感染，也是预防耳部疾病的重要措施。