卵巢畸胎瘤的治疗主要以手术切除为主，一旦确诊，通常建议尽早手术。对于良性卵巢畸胎瘤，手术方式多为患侧卵巢肿瘤剥除术，尽量保留正常卵巢组织；对于未生育的年轻患者，多采取此术式。而对于恶性卵巢畸胎瘤，手术范围会更大，可能需要切除患侧附件、子宫甚至进行盆腔淋巴结清扫等。
手术治疗方式
单侧卵巢畸胎瘤剥除术： 适用于单侧较小的良性畸胎瘤，尤其是有生育要求的年轻患者。手术中会尽量完整剥除肿瘤，保留患者的正常卵巢组织，术后患者卵巢功能受影响较小，一般不影响日后生育。双侧卵巢畸胎瘤处理： 如果双侧都有畸胎瘤，会根据肿瘤大小、患者生育需求等综合判断。较小的肿瘤可能也采取剥除术，较大的可能需要部分卵巢组织切除，但会尽量保留足够的卵巢组织以维持内分泌功能。
不同年龄患者的手术考量
年轻未生育患者： 重点在于保留生育功能，手术时会非常谨慎，尽量采用剥除术，避免过度切除卵巢组织。例如，对于20 - 30岁有生育计划的患者，会优先选择对卵巢功能影响小的手术方式。绝经后女性： 由于卵巢功能已衰退，手术多采取患侧附件切除术，即切除包含肿瘤的一侧卵巢和输卵管，因为此时保留卵巢的意义不大，而恶性变风险相对年轻患者有所增加，所以手术范围可能相对更广。
术后注意事项
良性术后随访： 良性畸胎瘤患者术后一般建议定期复查，通常术后1个月、3个月、6个月、1年进行超声等检查，观察盆腔情况，一般前2年每3 - 6个月复查一次，之后可每年复查一次。恶性术后后续治疗： 恶性卵巢畸胎瘤患者术后多需要辅助化疗，化疗方案会根据肿瘤的病理类型、分期等确定。一般需要化疗4 - 6个周期，化疗期间要注意观察血常规、肝肾功能等指标，因为化疗可能会引起骨髓抑制、肝肾功能损伤等不良反应。