血管痣形成的原因目前主要认为与胚胎发育过程中的血管异常增殖有关。其中，先天性血管痣是在胚胎时期血管发育就出现了异常，导致局部血管结构和数量发生改变。
遗传因素相关情况
部分血管痣具遗传倾向：有研究发现，某些类型的血管痣可能存在一定的遗传背景。比如部分家族性的血管痣患者，其家族中可能存在相关基因的突变，使得后代发生血管痣的概率相对增加。但具体的遗传方式还不完全明确，可能涉及多个基因的协同作用。
环境因素影响
孕期环境因素：孕妇在怀孕期间，如果受到一些不良环境因素影响，可能增加胎儿出现血管痣的风险。例如孕妇在孕期接触过多的辐射，像长时间处于高辐射环境工作，或者接受不必要的高剂量辐射检查等，可能干扰胎儿血管的正常发育，导致血管痣形成。另外，孕期母亲的一些感染情况，如感染某些病毒等，也可能对胎儿血管发育产生不良影响，进而诱发血管痣。后天环境刺激：出生后的婴儿如果受到外伤等不良刺激，也可能影响局部血管的正常状态。虽然这种情况相对较少见，但也有报道显示，局部外伤可能会诱发血管痣的形成或导致原有血管痣的变化。比如婴儿局部皮肤受到磕碰等外伤后，可能引起局部血管的异常增殖，从而出现血管痣表现。
血管自身发育异常
血管内皮细胞异常增殖：血管痣的形成与血管内皮细胞的异常增殖密切相关。正常情况下，血管内皮细胞的增殖和凋亡处于平衡状态，以维持血管的正常结构和功能。但在血管痣形成过程中，血管内皮细胞增殖失控，过度增殖，导致局部血管异常聚集、扩张，形成血管痣。例如在草莓状血管痣中，就存在血管内皮细胞的过度增殖现象，使得局部皮肤出现红色的、高出皮肤的斑块样病变。血管生成相关因子异常：体内一些血管生成相关的因子出现异常也会促使血管痣形成。比如血管内皮生长因子等因子的异常表达，会刺激血管的过度生成，导致血管在局部过度聚集，形成血管痣。这些因子的异常可能是由于基因表达调控异常等多种原因引起的。